聚丙烯酰胺本身基本无毒，它在进人人体后，绝大部分在短期内排出体外，很少量被消化道吸收。多数商品也不刺激皮肤，只有某些水解体可能有残余碱，当反复、长期接触时会产生刺激性。但残留的丙烯酰胺单体和生产过程中夹带的有毒金属会产生毒性。丙烯酰胺为神经性致毒剂，对神经系统有损伤作用，中毒后表现出肌体无力，运动失调等症状。表3列出了各国对聚丙烯酰胺作饮用水处
某些阳离子型聚丙烯酰胺的情况复杂些，它们的慢性毒性正进一步研究中。请参阅我国1990年制定的粉状聚丙烯酰胺的质量标准。
对应用于饮用水处理的絮凝剂，应使用食品级的产品为合适。某水厂使用广州聚丙烯酰胺工程中心的食品级、低残型粉剂，游离丙烯酰胺含量0· 05m L，大投加量为0·的mg/L,忽略其相当部分游离单体会随沉淀物一并去除不计，出厂水大游离丙烯酰胺含量理论值小于0· 0045m L。经抽样检验其沉淀池、滤池出水和出厂自来水均未发现有丙烯酰胺单体。故认为只要能控制好使用产品的质量和投加量，则采用聚丙烯酰胺助凝工艺，对饮用水是安全的。